در سخن از رسالت مجله نخست لازم است مؤلفه‌های مندرج در عنوان آن تبیین شوند. قید «پژوهش‌نامه» در عنوان مجله حاکی از آن است که در این مجله بنا ست صرفاً مقالات پژوهشی منتشر شوند. از قید «نقد» هرگونه کوشش برای شناخت و ارزیابی آراء قصد شده است. شناخت این آراء ممکن است فعالیتی نظری باشد که با بازخوانی یا احیاناً بازسازی اندیشه‌ها ممکن شود. مراد از «آراء» نیز، تولیدات نظری یک اندیشمند یا جریان فکری یا مکتب بخصوص در یک زمینۀ تفسیری خُرد (مثل رأی یک اندیشمند دربارۀ معنای یک واژۀ قرآنی) یا کلان (مثل رأی یک اندیشمند دربارۀ ترتیب نزول یا تناسب سوره‌ها و آیات) است. بالاخره، قید «تفسیر» نیز بر مجموعۀ متونی دلالت دارد که در مقام فهم قرآن کریم پدید آمده‌اند و در آن‌ها فهمی از یک یا چند آیه یا کلیت معانی و آموزه‌های قرآن ارائه شده است؛ خواه این فهم در ضمن یک اثر مشهور نزد مفسران قرآن بازنموده باشد، خواه در ضمن آثاری که در سنت تفسیری مسلمانان کم‌تر شناخته اند.
براین‌پایه، رسالت پژوهش‌نامۀ نقد آراء تفسیری چنین قابل‌تبیین است: الف) بازشناسی و نقد آراء مفسران مسلمان در حوزۀ علوم و معارف مختلف ــ اعم از دانش‌های دینی (هم‌چون فقه، کلام...) و عرفی (هم‌چون علم النفس، زبان‌شناسی، علم الاجتماع، جغرافیا...) ــ برپایۀ رویکردها و روش‌های نوین بازخوانی و نقد آراء در دانش‌های مختلف، ب) کاربردی‌سازی مطالعات قرآنی با پدید آوردن با زمینۀ تعامل آراء متفکران کهن مسلمان با علوم مختلف.
1ـ1. آراء تفسیری بزرگان دین و عالمان
1ـ2. اعتبارسنجی انتساب آراء تفسیری و مسئلۀ هویت و انتساب کتب تفسیری
1ـ3. بازشناسی و نقد آراء تفسیری عالمان مسلمان، مستشرقان، نواندیشان و دگراندیشان
2ـ1. بازشناسی مبانی کلامی، عرفانی، فلسفی، فقهی، اصولی و قرآن‌شناختی مفسران
2ـ2. بازخوانی نظریۀ تفسیری بزرگان دین و عالمان مسلمانان
2ـ3. تأثیر مبانی، منابع و رویکردهای مفسران بر فهم ایشان از قرآن کریم
2ـ4. گونه‌شناسی و تبارشناسی فهم‌ها از قرآن، تحول تفسیرها در گذر زمان و زمینه‌های اجتماعی آن.
3ـ1. اندیشه‌های دین‌شناختی، اخلاقی، فلسفی، اجتماعی، و روان‌شناسانۀ مفسران
3ـ2. بینش‌های طبیعت‌شناختی مفسران، اعم از نظریات نجومی، جغرافیایی، زیست‌شناسانه، طبی و....
3ـ3. تحلیل‌های زبان‌شناسانه در تفاسیر قرآن کریم
3ـ4. نظریه‌پردازی‌های زیبایی‌شناختی در مقام فهم قرآن
4ـ1. نقد و تعدیل آراء مفسّران در پرتو نظریات علمی نوین
4ـ2. بازفهم منابع تفسیر قرآن کریم با بهره‌جویی از رویکردها و روش‌های علمی یا آراء دین‌شناختی نوین
4ـ3. اصول و مبانی کاربرد علوم نوین در فهم قرآن